การแบ่งส่วนราชการและหน้าที่
กองบริการการเดินเรือ (กบด.ศสด.อศ.) มีหน้าอำนวยการ ประสานงาน ดำเนินการและรวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับความปลอดภัยในการเดินเรือ จัดทำและออกประกาศชาวเรือและประกาศคำเตือนเพื่อความปลอดภัยในการเดินเรือ การบริการด้านการเดินเรือและเวลามาตรฐานให้หน่วยงานของรัฐ ภาคเอกชน และประชาชนทั่วไป ตลอดจนจัดพิมพ์แผนที่ เอกสาร บรรณสารการเดินเรือ และสิ่งพิมพ์ต่างๆ แบ่งส่วนราชการออกเป็น
1. แผนกบริการการเดินเรือและเวลามาตรฐาน มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับ การจัดทำและออกประกาศชาวเรือ และประกาศคำเตือนเพื่อความปลอดภัยในการเดินเรือ การบริการแผนที่และบรรณสารการเดินเรือ การแก้ไขแผนที่ การจัดทำและแก้ไขบรรณสารการเดินเรือ การแลกเปลี่ยนแผนที่และบรรณสารการเดินเรือกับองค์การอุทกศาสตร์ต่างประเทศ ดำเนินการเกี่ยวกับการศึกษาติดตามวิทยาการด้านดาราศาสตร์และเวลา การรักษาเวลามาตรฐานประเทศไทย การเทียบเวลา การให้บริการข้อมูลต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนตรวจสอบซ่อมบำรุงอุปกรณ์รักษาเวลามาตรฐาน
2. แผนกพิมพ์แผนที่และบรรณสาร มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการจัดพิมพ์แผนที่ เอกสาร บรรณสารการเดินเรือ และสิ่งพิมพ์ต่าง ๆ ตลอดจนจัดเก็บ และบำรุงรักษาเครื่องมืออุปกรณ์การพิมพ์
กองเครื่องหมายทางเรือ (กคม.ศสด.อศ.) มีหน้าที่อำนวยการ ประสานงาน และดำเนินการเกี่ยวกับการติดตั้ง การตรวจซ่อม การแก้ไขและบำรุงรักษาประภาคาร กระโจมไฟ ทุ่นเครื่องหมายทางเรือ และเครื่องหมายช่วยการเดินเรือต่าง ๆ รวมทั้งระบบควบคุมติดตามระยะไกลและสารสนเทศเครื่องหมายทางเรือในน่านน้ำไทยตลอดจนงานอสังหาริมทรัพย์ และงานที่ดินในความรับผิดชอบของ อศ.
สถานีอุทกศาสตร์สัตหีบ (สอส.ศสด.อศ.) มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการให้บริการแผนที่และบรรณสารการเดินเรือ การซ่อมบำรุงเครื่องมืออุปกรณ์การเดินเรือ ให้กับเรือหลวงในเขตรับผิดชอบ จัดเก็บข้อมูลสมุทรศาสตร์และอุตุนิยมวิทยาเบื้องต้น ดูแลระบบวิทยุเพื่อหาตำบลที่เรือ สนับสนุนการซ่อมบำรุงเครื่องหมายทางเรือ และดูแลระบบควบคุมติดตามระยะไกลเครื่องหมายทางเรือ
สถานีอุทกศาสตร์หัวหิน (สอห.ศสด.อศ.) มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการให้บริการแผนที่และบรรณสารการเดินเรือ การซ่อมบำรุงเครื่องมืออุปกรณ์การเดินเรือ ให้กับเรือหลวงในเขตรับผิดชอบ จัดเก็บข้อมูลสมุทรศาสตร์และอุตุนิยมวิทยาเบื้องต้น ดูแลระบบวิทยุเพื่อหาตำบลที่เรือ สนับสนุนการซ่อมบำรุงเครื่องหมายทางเรือ และดูแลระบบควบคุมติดตามระยะไกลเครื่องหมายทางเรือ
สถานีอุทกศาสตร์สงขลา (สอข.ศสด.อศ.) มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการให้บริการแผนที่และบรรณสารการเดินเรือ การซ่อมบำรุงเครื่องมืออุปกรณ์การเดินเรือ ให้กับเรือหลวงในเขตรับผิดชอบ จัดเก็บข้อมูลสมุทรศาสตร์และอุตุนิยมวิทยาเบื้องต้น ดูแลระบบวิทยุเพื่อหาตำบลที่เรือ สนับสนุนการซ่อมบำรุงเครื่องหมายทางเรือ และดูแลระบบควบคุมติดตามระยะไกลเครื่องหมายทางเรือ ในเขตรับผิดชอบ
สถานีอุทกศาสตร์พังงา (สอพ.ศสด.อศ.) มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการให้บริการแผนที่และบรรณสารการเดินเรือ การซ่อมบำรุงเครื่องมืออุปกรณ์การเดินเรือ ให้กับเรือหลวงในเขตรับผิดชอบ จัดเก็บข้อมูลสมุทรศาสตร์และอุตุนิยมวิทยาเบื้องต้น ดูแลระบบวิทยุเพื่อหาตำบลที่เรือ สนับสนุนการซ่อมบำรุงเครื่องหมายทางเรือ และดูแลระบบควบคุมติดตามระยะไกลเครื่องหมายทางเรือ